こうして藩主の家禄と藩財政とは分離されたが、旧大

こうして藩主の家禄と藩財政とは分離されたが、旧大名は実質的に温存され、租税と軍事の両権はこれまでどおり各藩に属していた。このため実質的効果はあがらず、限られた直轄地（府県）からの年貢徴収を厳しく行った新政府に対して各地で一揆が続発し、藩地でも江戸時代と変わらぬ徴税に民衆の不満が高まった。さらに奇兵隊で有名な長州藩の諸隊は、藩の軍事力再編成に反発して頑強に抵抗した。